Nel territorio del comune di Rignano Garganico, la grotta di Paglicci si apre a circa 100 m s.l.m. sul fianco meridionale del Promontorio, lungo il primo gradone calcareo sulla riva sinistra del Vallone di Settepende.
Il grande complesso naturale si articola in varie sale e corridoi. Anche un antistante riparo esterno sotto roccia, oggetto di molte vicissitudini nel secolo scorso, era in origine, prima dei cedimenti della volta, un ambiente coperto.
Il riparo è interessato da un deposito stratigrafico del Paleolitico antico; la serie interna, invece, offre una completa sequenza stratigrafico-culturale del Paleolitico superiore italiano.